En Linux la utilidad clásica es "rsync". Seguro que hay por ahí interfaces gráficas para rsync si no te gusta la línea de comandos. Yo uso rsync para sincronizar mi PC con el NAS, desde línea de comandos.
Si no te gusta la línea de comandos, una opción que puedes considerar es meld o kdiff3. Aunque estos tienen un uso diferente, van archivo a archivo y preguntan qué hacer cuando se encuentra alguna diferencia. Yo los uso para los backups que necesito cuidado para no sobreescribir o borrar cosas que quiero. Prefiero que pregunte uno o uno en vez de hacerlo todo automático.
"Todo es absolutamente falso, salvo alguna cosa"
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