Bueno, al final he conseguido dar con la configuración adecuada del aspecto poniendo a true la linea que me has indicado y comentando la de video_aspect_ratio. Ahora por lo menos no me llena toda la pantalla. Gracias!
Ahora lo que me falta es lanzar el emu de master system por el retroarch, que el que lleva ahora, el osmose, va muy bien, pero no hay forma de salir de él si no es por teclado.
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