Sí, los empaquetadores hacen eso: juntar todos los .js que tiene tu proyecto en uno solo y minimizarlo. Y sí, lo hacen de forma automática cada vez que detectan un cambio en tus .js. Y sí también, esto es muy parecido a una compilación. De hecho la moda moderna es escribir en TypeScript, que primero se compila a JavaScript y después se empaqueta.
No se te ocurra configurar esto manualmente, eh. Si necesitas usar estas cosas entonces mejor aprendes algún entorno donde lo tenga todo integrado. Normalmente van asociados a alguna librería grande: Vue, Angular ó React. Y no se hace "luego", si quieres usarlo lo mejor es hacerlo desde el principio. Con el proyecto ya empezado va a ser un follón usar empaquetadores. Por eso digo que te informaba, no recomendaba.
"Todo es absolutamente falso, salvo alguna cosa"
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