Me alegra que ya lo hayas podido resolver, enhorabuena
Si te quedan fuerzas, haz una copia del proyecto, y revísalo, que seguro que empiezas a encontrar fallos, y a lo tonto, das con soluciones más elegantes a ciertas partes del código.
Respecto a lo demás, sí, bueno, el dividir las tareas, ordenarlas en la cabeza y demás, viene con el tiempo y la práctica (y con papel y lápiz, que eso no lo suele decir nadie). No te puedo decir cómo es la curva de dificultad porque ya no recuerdo lo que fue aquello hace más de 15 años... o no me di cuenta, después del hartón de programar que me metí después de aquel primer año, entre prácticas y videojuegos
Si el programa está bien estructurado, da igual por dónde lo cojas. Tienes que probar todas las partes de forma independiente, así que... Sí que es cierto que cuando estamos generando datos, lo más fácil es empezar por la creación, luego la consulta, el borrado y la modificación en ese orden (porque la operación anterior te sirve en la siguiente). Pero en MVC puedes empezar por la vista o por la BBDD, y así hacer diseños top-down o bottom-up, según cómo tengas ordenadas las neuronas.
De todas formas, no lo dejes, especialmente ahora que estás empezando, un parón puede ser catastrófico. Hazte un proyecto sencillo, o muchos de ellos, repite código hasta que se te grabe a fuego en la cabeza, porque como se te olvide la sintaxis o los "trucos" para enlazar elementos (léase ventanas, herramientas, conexiones a BBDD...) luego te va a costar recordarlo, y a menos que tengas un 50% de comentarios en el código (porcentaje recomendado por... alguien más listo que cualquiera de nosotros) ni releyendo tus propios comandos te vas a acordar.
Por ejemplo, hazte un programita para tener una BBDD de las pelis o videojuegos que tienes: un apartado para introducir o editar datos, ver datos de las películas, ver datos de actrices/actores y las pelis en las que aparecen, distribuidoras de videojuegos... cosas así.
...Aunque luego te darás cuenta de que no merece la pena ponerse con Java, y aprenderás C# para trabajar, o para Unity, o algún otro lenguaje multiplataforma para hacer cosillas de escritorio
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